Bibliotecando

Hoy me desperté temprano, bueno a las 9:00 pero eso para mi es muy temprano, y lucía un espléndido día. Ahora mismo son las 18:29 y llevo tres horas cagándome en todo metido en la biblioteca estudiando para los finales de Junio. Debo deciros que estoy mucho más optimista últimamente ya que me falta muy poquito para terminar la carrera y parece que, en el plano profesional, empiezo a ver la luz al final de túnel. Estoy en tratos con un departamento de mi universidad para empezar la tesis doctoral el año que viene, es un trabajo superinteresante, estudio de estructura tridimensional de proteínas con NMR, desarrollo de programas en C++/objetive C para el análisis de datos y otras cosas muy interesantes que incluyen la expresión de proteínas en grandes cantidades; estamos gestionando un posible contrato hasta que pueda pedir la FPI o similar para entrar en la etapa de tesis. Aparte de estas cosas tan molonas estoy a menos de 25 días de terminar la carrera lo que aumenta consecuentemente mi estrés y reduce mi tiempo para mantener actualizado el blog, voy a intentar escribir más estos días aunque sea desde la biblioteca.

Debido a un comentario de un amigo ha decidido ir comentando ciertos aspectos relacionados con Mac OS X, en primer lugar os voy a recomendar dos páginas muy útiles, sobre todo para los maqueros que se dediquen o les interese la ciencia:

 

•  MacResearch: página donde se listan y comentan recursos de gran utilidad para los investigadores (me refiero por supuesto a investigación en ciencias) usuarios de Mac OS X. Visitadlo no os arrepentireis.
• Apple-Science: subpágina de los de cupertino dedicada a sus usuarios científicos, con recursos, trucos y enlaces a white papers sobre diversas problemáticas a las que se enfrentan los investigadores usuarios de Mac OS X.

 

En el próximo post voy a recomendaros unos widgets para dashboard que son bastante útiles, alguno, y frikis, la gran mayoría.

Gracias por vuestras visitas, hasta la próxima.

 

The Endless Summer

Hoy he tenido el último seminario de FBA IV y, por ende, el último de la carrera. Ha sido un seminario un poco raro, el tema era interesante: estimación de la variabilidad genética de poblaciones para proyectos de gestión de recursos genéticos o, y aquí viene lo bueno, proyectos de mejora genética de especies de producción. El profesor encargado me había dado hace unos años parte de la asignatura de genética general y es un tipo bastante agradable pero… el seminario lo superó. Yo no digo que no INTENTASE ser gracioso, afirmo que no lo consiguió, porque mira que decir que claro la reproducción sexual tiene como finalidad el aumentar la variabilidad genética de la siguiente generación, haya cada uno después lo que haga con esa variabilidad (guiño, guiño)… en fin, eso fue una capuyada y punto, pero luego se atrevió a decir que claro que el mtDNA (DNA mitocondrial, y me niego a poner ADN) era un circulito que tienen dentro todas las mitocondrias… claro hay me rechinaron los dientes y es que la pedantería tiene un precio y a mi personalmente oír eso es que me da ganas de gritar “a las barricadas!”

El seminario paso, realmente, sin mayor pena ni gloria y tanto al profesor como al tema del seminario les daría un notable (por los pelos eso si). Lo malo paso al salir, había quedado con mi ex-compañera del ex-departamento (que bien suena) y mientras salía hacia la máquina del café empece a darle vueltas a aquello que dijo Kill Bill el primer día de clase: “hasta ahora la continuidad ha marcado vuestras vidas, con cambios menores, como al terminar el instituto ya teníais claro que tocaban 5 añitos de universidad, una vez allí después de un curso el otro… y así en un bucle infinito, pues no! ahora toca saltar al mundo real, buscar trabajo, o estudiar oposiciones, etc pero sobre todo llega LO DESCONOCIDO” Tócala otra vez Kill, cuanta razón tenías, me di cuenta de repente. Podría compararse todo el periodo educativo con una extraña sensación que tienes justo en el momento de coger una ola. Y es que en mis tiempo mozos yo era surferito, lo recuerdo como si fuera ayer; estabas allí enfundado en tu traje de neopreno con tu tabla superchula sintiéndote el rey del mambo en un día de temporal… veías una ola buena, no había nadie cerca así que era claramente tuya, empezaba el sprint, remas con todas tus fuerzas siguiendo su trayectoria hasta que llega el momento mágico, sientes el empuje de la ola en el tail de la tabla (hasta ahora todo puede compararse con la vida hasta el primer día en la universidad) en ese momento, en ese preciso momento sientes que el tiempo se para, oyes el ruido de la tabla contra la superficie bacheada de la ola y te pones de pié de un salto… mientras pegas un pisotón en el centro de la tabla para empezar a bajarla en ese momento el mundo se acelera de nuevo, solo ves algo negro, el fondo de la ola, mantienes el equilibrio mientras oyes el estruendo del labio estrellandose contra el agua y notas ese aire denso, cargado de spray del agua, giras y encaras la pared… sigues durante un tiempo buscando tu oportunidad.. esperas y ahí esta! el labio se levanta delante de ti, es tu momento para impresionar a todo el mundo con un giro salvaje, pero no llegas a tiempo y.. Zas!! en toda la boca!! allá vas, a comer mierda… tras un tiempo de revolcón que parece infinito sales a la superficie sin saber bien donde estás, el tiempo se ralentiza otra vez… hasta que notas el tirón del invento que te arrastra de nuevo a la realidad… y vuelta a empezar.

No se que paralelismo se puede encontrar a la vida universitaria, pero para mi si la tiene. En este momento me dirijo al labio, no se que va a pasar, si llegaré a tiempo o me tocará comer mierda otra vez,pero veremos, tengo esperanzas de haber cogido velocidad suficiente en la universidad y llegar a tiempo para conseguir un trabajo chulo, sino siempre queda el “invento”, la opción siempre presente de preparar unas oposiciones. Y tanto royo para esto, te preguntarás, pues sí, simplemente al salir del seminario he sentido exactamente lo mismo que cuando pillaba olas, sin preocuparme para nada de polleces de estas.

Llevaba tiempo sin escribir, no es que no tuviese ideas, era que simplemente estaba vago, pero intentaré seguir con esto a menudo. Respecto a lo que había comentado en otra entrada, creo que sería buena idea un minicurso de ingeniería genética, si os parece bien o mal, comentad! que ya bastantes pocas visitas tengo como para que los pobres incautos que caen en mis redes no comenten. Gracias! y buenas noches.

El Adiós

Hace tiempo que no escribo, tiene una explicación y es que esta ha sido una semana que puede calificarse de horrible. Fecha límite de entrega del segundo boletín de autoevaluación de Neurobiología y los boletines 1 y 2 de problemas miércoles a las 19:00; examen del bloque I de Genética Molecular el miércoles por la mañana; seminario de FBA IV !!! el miércoles por la tarde … y la siempre complicada decisión del adiós.

 

Los problemas y el boletín de autoevaluación pudieron hacerse tras dos tardes de 4 y 5 horas de tajo, el lunes y el martes con sus correspondientes dolores de cabeza… pero al final están listos y entregados. Otro día escribiré sobre lo educativo que es hacer boletines de autoevaluación sobre una asignatura paralela, que debes estudiar y buscar por tu cuenta etc.

  

En cuanto al examen de genética molecular, bueno, no puede decirse que me saliera mal y menos pensando que el fin de semana me leí los apuntes y el miércoles por la mañana los volví a leer antes del examen. Preguntas? las esperadas, sobre si la diferencia de resolución de una técnica son 30 ó 10 kb, o incluso sobre si las bases nitrogenadas son muy hidrofóbicas o totalmente… en fin que bien, tengo que sacar un 3,5 para poder compensar con otras partes y espero sacar más de un 5; con lo cual, sin miedo.

 

  En cuanto a la decisión del Adios… El Adiós es siempre una decisión dificil, más si cabe después de una relación de tres años de duración, con sus cosas buenas y malas por supuesto, pero satisfactoria en general. Y es que hace tres años que entré en un departamento de mi facultad, después de estos tres años de colaboración en investigación he descubierto lo mucho que me gusta la investigación, de hecho espero que se convierta en mi trabajo algún día; pero el amor que pueda sentir por la investigación no compensó, ni de lejos, la situación en el departamento esta año. Con la llegada de un post-doc que venía a hacerse cargo de la dirección de investigación del grupo, de una forma nada conciliadora, digamos que su mandato se basaba en el reparto del mismo trabajo entre los distintos colaboradores del grupo, de esta forma los únicos resultado obtenidos eran suyos porque era el único que poseía la información correcta. Al margen de esta situación, realmente, los resultados no llegaron, sin duda si llegas a un laboratorio no puedes empezar a variar los protocolos de todo el mundo, en mi opinión a peor, y esperar que las cosas sigan dando resultados como antes; es que no puede olvidarse ni por un momento que el trabajo en laboratorio obedece a un máxima: METICULOSIDAD, el mantenimiento de reactivos y otros materiales de ensayo en condiciones de esterilidad, el hecho de que personas no entrenadas realicen técnicas que no entienden, no pueden ayudar a la consecución de resultados fiables, ni no fiables como ha sido el caso.

La decisión me ha costado sobremanera pero pensando en que daba igual los resultados obtenidos, finalmente me los robarían por lo cual perder el tiempo durante el final de mi último curso universitario para, aun encima, proveer la posibilidad de una publicación solida a a un elemento de este calibre, la ópción mas parsimoniosa era sin duda, dejarlo.

Y así lo hice, me plante delante del nuevo jefe, le dije que lo dejaba por falta de tiempo y le di las llaves sin darle tiempo a contestar… ver la cara que puso no tubo precio; compenso en parte las tardes de mala leche por culpa de tener que aguantarlo.

No digo más por hoy pero prometo contar mas detalles de esta fantástica relación. Además me estoy planteando hacer una especie de cursillo de técnicas de biología molecular, para el que le interese, había pensado empezar por la PCR como herramienta diagnóstica más que como una simple amplificación… pero ya iré viendo, que como veis ando bastante liado. Hasta la próxima.

 

 

FBA IV: Core Dumped

Pues eso, mis neuronas hoy han decidido que la apoptosis era la mejor opción tanto para ellas, individualmente, tanto para mi como organismo, ¿porqué? Si prestas atención a las dos primeras palabras del título deberíais saberlo, es FBA todo el mundo lo sabe, apesta profundamente; pero yo siempre he sido un poco soñador y, por ello, antes de cada seminario pienso en que posiblemente me enseñen algo de utilidad en mi vida… MENTIRA COCHINA, únicamente es una fuente inagotable de inspiración para escribir este blog, de forma que podría decirse que FBA viene siendo mi musa, una relación severamente masoquista del tipo a la Martin Silenus tenía con la suya, el Alcaudón. Sólo que finalmente no espero que FBA termine colgándome de un árbol de espinas sino que me proporciones otro pequeño, pero estadísticamente significativo, empujón a mi expediente.

Todo empezó ayer, cuando tuve un seminario de Genética con el que había sido mi profesor de Mejora Genética; un tipo más bien curioso, con una gran flema británica que lo empuja a llamar tontos a los alumnos de una forma que se podría calificar de sutilmente indirecta. Pues bien, la temática de dicho seminario era la identificación de QTLs, tema no del todo aburrido que produjo un seminario, al menos para mi, no demasiado provechoso pero si debidamente entretenido. Acompañado, por supuesto, de esos lances de flema del profesor:

 

1. (profesor) Abrid el archivo ijk, de la carpeta X
2. …… (pasa un largo rato)
3. ……,(Alumn@) profesor, el archivo no me abre
4. (profesor) Claro, es que …. mira atiéndeme ¿ves este nombre que señalo en la pizarra? Se que te parecerá una tontería, pero si el programa no pone en la parte superior de su ventanita este nombre, es que no has abierto el archivo correcto. Como veis, creedme, la pizarra sirve para algo y en las clases, creo, que pasa algo parecido.

 

Es que me parto con este tío, en serio, si no se dirige a ti te dan ganas de reirte en la cara del pobre alumn@ y regodearte en SU estupidez.

Pasando por alto anécdotas graciosas el seminario paso sin mayor pena ni gloria, lo pero vino después.

 

Exactamente a las 1.600 hora Zulú del día siguiente, cuando empezó el seminario de microbiología sobre secuenciación, jajaja como nos engañan, secuenciación sí, y una leche. La práctica consistió en una charla de cerda de una hora sobre como hacer una PCR y en como hacer una reacción de secuenciación, tras eso que ya parecía bastante malo pero lo mejor fueron las dos horas restantes de como cortarle un trocito a un archivo de secuencia, luego nos explicó como se podían unir varias secuencias SOLAPANTES, para terminar con un magnífico BLASTn …. y otras cosas, que deberían suponer la pena de muerte inmediata. Entre ellas está el tener los santos co..nes de decir, públicamente y en voz alta, que vamos a construir un árbol filogénetico calculando las distancias de DNA ¿como? en mi planeta a esa distancia genética, calculada de forma simple e incluso primitiva si prefieres, se la denomina Distancia de NEI; para proseguir con la tortura resulta que el método de máxima parsimonia es una mierda, si una mierda y no sólo eso sino que además no se usa y nos práctica… En ese momento sonaron todas las alarmas!!! creo que hasta Lewontin se removió en su cómodo sofá (pido perdón por haberlo matado, gracias KaRMe). En fin, debe ser cosa mía, me pasa por saber, por pasarme una semana en pleno verano haciendo un curso de bioinfomática en el que básicamente se trató de filogenia molecular. Como bien escribí un día la educación tiene un grave problema y, desde luego, no son los alumnos. La culpa es de “profesores” ignorantes que enseñan mentiras y te hacen creer en ellas como si fueran las tres leyes de la robótica, el problema es que por mucho que se empeñen alguien que no sabe sobre un tema no puede enseñar sobre el mismo a nadie, porque si sabes simplemente desconectas e ignoras toda esa sarta de estupideces soberanas; pero si no sabes te vas a casa pensando que NEI era imbécil, que Fisher era un ignorante y que, desde luego Lewontin no es más que un tipo que garabatea locuras en unos libros.

 

Voy a dejar de escribir por hay porque veo que estoy empezando a decir lo que pienso de verdad y todos sabemos que eso no es nada bueno.

 

Muchas gracias por dejar que me desahogue, sólo quedan dos meses de la última FBA de mi vida, cuando se acabe seré más feliz, sí mucho más feliz. Gracias

FBA IV: Vida y milagros

Hoy tengo otra vez un seminario de FBA IV y menos mal que es la última de las 4 que comprenden las asignaturas troncales del segundo ciclo de la licenciatura en biología. Es una auténtica sorpresa, cuando pasas de ciclo se te pasa por la cabeza, con enorme alegría, que por fin podrás escoger asignaturas según tus gustos y preferencias… que por fin te has librado de la odiada zoología, la botánica, geología, etc (hablando, claro está, desde la perspectiva de la especialidad de Biología Molecular), sin embargo esto no es así, nada más lejos de la realidad porque ahí están FBA I y II para recordarte lo que habías olvidado de esas asignaturas que, como poco, no usarás para tu trabajo.

Pero eso no es lo peor, las FBAs de 5º, supuestamente orientadas hacia la rama de molecular son un infierno; porque en FBA III te recordarán hasta la saciedad que, en un cromatrograma (sí has leído bien, cromatrograma) de HPLC y, a pesar de que la impresión del papel es a ritmo constante y por tanto el tiempo de retención es equivalente a la distancia sobre el cromatrograma, te dan por mala una pregunta si pones las medidas en distancia y no en tiempo, si todo el mundo sabe que son EQUIVALENTES!!

A parte de estas maravillas de la revisiones de exámenes, en las que te bajan 0,5, que es poco pero puede ser la diferencia entre el notable y el sobresaliente, básicamente porque les da rabia darte el punto entero de la pregunta; en fin todos sabemos que la educación tiene un grave problema. Ya me iba yo por las ramas, pues eso, que a parte del maravilloso mundo de la revisión de exámenes, tenemos la fascinante variedad de de contenidos de FBA. FBA IV, la que tengo actualmente, trata básicamente de electroforesis!! si si, una asignatura de 11,5 créditos en la que se dan los principios básicos de las técnicas electroforéticas una y otra vez. Pero también debemos ser justos, a parte de la electroforesis se le dedican sólo dos o tres seminarios de unas tres horas cada uno a explicarte el proceso de una PCR que, para los que no tengáis FBA, es:

 

 

1. Mezlar en un tubo eppendorf: Agua, dNTPs, primer forward y reverse, Buffer del enzima, cloruro magnésico (si no lleva el enzima), DNA molde y, por último el enzima DNA polimerasa (puede ser la Taq o no, en contra de los mandatos de FBA)
2. Poner el tubo en un termociclador
3. Encender el termociclador y lanzar el programa elegido
4. Sacar el tubo del termociclador

 

Y listo, si ya está mira que facilito es. 

 

Me pasaría el día contando ests divertidas cosa sobre FBA, pero tengo que irme a un seminario, como no, de FBA IV.